Estoy tratando de alojar un sitio web de jekyll ya creado en github-pages.
La razón de esto es que quiero combinarlo con otro sitio web generado estáticamente (doxygen html).

Cuando dejo que github use jekyll para generar el sitio web, funciona muy bien. Pero si lo genero yo mismo localmente y lo envío a una rama con un archivo .nojekyll, parece que a los resultados les falta css o un tema (no es un desarrollador web aquí, así que no sé mucho al respecto).

¿Alguna idea de cómo hacer que esto funcione?

Jekyll ya generado se puede ver aquí: https://f3d-app.github.io/f3d-doxygen-site/

Se supone que el sitio web debe verse así: https://f3d.app