Estou tentando hospedar um site jekyll já construído no github-pages.
A razão para isso é que eu quero combiná-lo com outro site gerado estaticamente (doxygen html).

Quando deixo o github usar o jekyll para gerar o site, funciona muito bem. Mas se eu mesmo gerá-lo localmente e enviá-lo para uma ramificação com um arquivo .nojekyll, os resultados parecem estar faltando css ou um tema (não é um desenvolvedor da web aqui, então não sei muito sobre isso).

Alguma ideia de como fazer isso funcionar?

O jekyll já gerado pode ser visto aqui: https://f3d-app.github.io/f3d-doxygen-site/

O site deve ficar assim: https://f3d.app