github-pages で既にビルドされている jekyll Web サイトをホストしようとしています。
その理由は、静的に生成された別の Web サイト (doxygen html) と組み合わせたいからです。

github に jekyll を使用して Web サイトを生成させると、うまく機能します。しかし、自分でローカルに生成し、.nojekyll ファイルを使用してブランチにプッシュすると、css またはテーマが欠落しているように見えます (ここでは Web 開発者ではないため、それについてあまり知りません)。

これを機能させる方法はありますか？

すでに生成された jekyll は、https://f3d-app.github.io/f3d-doxygen-site/ で確認できます。

ウェブサイトは次のようになります: https://f3d.app